ЦХЛС-ВНИХФИ проводит совместные исследования со многими научными и клиническими учреждениями, в том числе с Кардиологическим научно-производственным комплексом Минздрава РФ, Научно-исследовательским институтом фармакологии РАМН, Московским научно-исследовательским институтом глазных болезней им. Гельмгольца, Московской медицинской академией им. Сеченова, Российским государственным медицинским университетом, Национальным институтом медицинских исследований (Великобритания) и другими.

Институт сотрудничает с промышленными и научными учреждениями ближнего зарубежья - Белорусью, Украиной, Латвией, Эстонией, Грузией, Арменией, а также с рядом западных фармацевтических фирм.

Широкие и тесные связи с предприятиями химфармпромышленности, включая объединение ╚Мосхимфармпрепараты╩, Московский эндокринный завод, ОАО ╚Ай-Си-Эн Томскхимфарм╩, ОАО ╚Ай-Си-Эн Марбиофарм╩, ООО ╚Фермент╩ и др., позволяют институту активно внедрять новые препараты в промышленность и медицинскую практику.