Научно-исследовательский химико-фармацевтический институт (НИХФИ) основан 30 ноября 1920 года.
В 1921 г. в институте работали 52 специалиста и 28 человек вспомогательного персонала.

С момента основания институт формировался как комплексное научно-исследовательское учреждение, с основными задачами: создание и внедрение в промышленность и медицинскую практику новых химико-фармацевтических лекарственных средств (синтетических и природного происхождения).

В 1937 г. институт переименован во Всесоюзный научно-исследовательский химико-фармацевтический институт (ВНИХФИ) им. С.Орджоникидзе.

Правительственным распоряжением от 14 апреля 1989 г. ВНИХФИ преобразован в Центр по химии лекарственных средств (ЦХЛС-ВНИХФИ), а 3 марта 1998 г. институту придан статус Государственного унитарного предприятия.

За годы работы института было создано и внедрено в медицинскую практику 60 принципиально новых (оригинальных) лекарственных средств. Были также разработаны новые методы синтеза для 170 препаратов, широко применяющихся в мировой медицинской практике.

Среди созданных в стенах института препаратов такие широко применяемые в России и зарубежом  лекарственные средства, как пиразидол, проспидин, арбидол, нибентан, фенкарол и многие другие.