Структура ЦХЛС-ВНИХФИ включает 2 химические лаборатории (лабораторию синтеза ╧1 и лабораторию синтеза ╧2), 3 биологические - фармакологии, химиотерапии инфекционных заболеваний и лекарственной токсикологии; сектор фармакокинетики; виварий лабораторных животных; аналитический отдел с сектором физико-химических методов исследований; отдел готовых лекарственных форм; отдел промышленной технологии; научно-организационный отдел, научную библиотеку.

Лаборатории и отделы института расположены в специально предназначенных для научно-исследовательских  и экспериментальных работ помещениях и оснащены необходимым оборудованием.

Генеральный директор института - Глушков Роберт Георгиевич, доктор химических наук, профессор, академик  Российской академии медицинских на-ук,  заслуженный деятель науки РФ,  лауреат Государственной премии СССР и премии Совета Министров СССР.